Die Leitung der EKvW liegt bei der Landessynode (Art. 117 KO). Sie entscheidet über die Grundsätze der kirchlichen Arbeit, sie erlässt die Kirchengesetze und beschließt den landeskirchlichen Haushaltsplan. Sie wählt ihren Vorsitzenden (die oder den Präses), die oder der gleichzeitig den Vorsitz in der Kirchenleitung und dem Landeskirchenamt innehat, und die weiteren Mitglieder der Kirchenleitung.

Mitglieder der Landessynode sind qua Amt die oder der Präses und die weiteren Mitglieder der Kirchenleitung, die Superintendentinnen und Superintendenten sowie Abgeordnete der Kirchenkreise, die von den Kreissynoden gewählt werden. Die Zahl der zu wählenden Abgeordneten richtet sich dabei nach der Größe des Kirchenkreises. Der Landessynode gehören mit Stimmrecht außerdem Theologieprofessorinnen und Theologieprofessoren an, die von den Theologischen Fakultäten entsandt werden, sowie weitere Mitglieder, die von der Kirchenleitung berufen werden. Beratende Mitglieder der Synode sind von Amts wegen die Mitglieder des Landeskirchenamtes, soweit sie nicht zur Kirchenleitung gehören, sowie als Berufene zumeist die Leiterinnen und Leiter von Ämtern und Werken der Landeskirche sowie andere Vertreterinnen und Vertreter kirchlicher Arbeitsbereiche.

Alle vier Jahre nach der Wahl von Presbyterinnen und Presbytern werden die Kreissynoden neu gebildet. Im Anschluss daran konstituiert sich auch die Landessynode neu. Sie tagt in der Regel nur einmal jährlich, jedoch über mehrere Tage. Ihre Tagungen werden durch die Kirchenleitung mit Unterstützung des Landeskirchenamtes vorbereitet. An der Vorbereitung sind auch die Ständigen Ausschüsse der Landessynode (siehe unten: Ausschüsse) beteiligt. Neben anderen Vorlagen werden auch thematische Schwerpunkte (sogenannte Hauptvorlagen) zu grund­sätzlichen oder aktuellen Fragen des kirchlichen Lebens für die Landessynode im Laufe des Jahres in den Presbyterien und den Kreissynoden vorberaten und mit einer Stellungnahme oder einem Votum an die Landessynode weitergeleitet. Die wesentlichen Aufgaben der Landessynode werden im Art. 118 KO benannt.

Im Auftrag der Landessynode nimmt die von ihr für acht Jahre gewählte Kirchenleitung die ständige Leitung der Landeskirche wahr (Art. 142 KO). Sie ist an die Kirchenordnung, die Kirchengesetze und die von der Landessynode aufgestellten Grundsätze gebunden.

Ihr gehören neben der oder dem Präses weitere hauptberufliche und nebenamtliche Mitglieder an (Art. 146 KO). Die Landessynode 2019 hat entschieden, dass nicht mehr 18 sondern zukünftig 14 Personen die Kirchenleitung bilden. Nach einer kurzen Übergangszeit werden deshalb mit der oder dem Präses fünf hauptberufliche und neun nebenamtliche Mitglieder wirken.

Hauptberufliche Mitglieder sind die theologische Vizepräsidentin oder der theologische Vizepräsident, die juristische Vizepräsidentin oder der juristische Vizepräsident, eine theologische Oberkirchenrätin oder ein theologischer Oberkirchenrat sowie , eine juristische Oberkirchenrätin oder ein juristischer Oberkirchenrat. Im Nebenamt gehören der Kirchenleitung drei Ordinierte und sechs Gemeindeglieder mit der Befähigung zum Amt einer Presbyterin oder eines Presbyters an (Art. 146 KO)

Die Kirchenleitung hat die Beschlüsse der Landessynode vorzubereiten und auszuführen. Sie vertritt die Landeskirche im Rechtsverkehr (Art. 142 Abs. 2 Buchst. o) KO) Zu ihren Aufgaben gehören die Aufsicht über Gemeinden und Kirchenkreise, um Zeugnis und Dienst der Kirche zu fördern, die Vermittlung von Erfahrungsaustausch, die Förderung der Zusammenarbeit von Kirchengemeinden, Kirchenkreisen, Ämtern und Werken (z.B. durch Visitationen) sowie die Grundsatzplanung für die Arbeit der Landeskirche. Sie kann in dringenden Fällen auch gesetzgebende Aufgaben wahrnehmen (gesetzesvertretende Verordnung, Art. 144 KO); diese Normen bedürfen der Bestätigung durch die Landessynode.

Der oder dem Präses der EKvW kommen eine Reihe von Leitungsaufgaben zu . Sie oder er ist Vorsitzende oder Vorsitzender der Landessynode und als solche oder solcher auch Vorsitzende oder Vorsitzender der Kirchenleitung und des Landeskirchenamtes (Art. 153 Abs. 1 Satz 3 KO). Das Leitungsamt wird in gemeinsamer Verantwortung mit den Mitgliedern der Kirchenleitung und des Landeskirchenamtes ausgeübt (Art. 153 Abs. 1 Satz 4 KO).

Als erste Aufgabe der oder des Präses nennt die KO im Art. 153 Abs. 1 Satz 1 das Hirtenamt an den Gemeinden und an den Amtsträgern der Kirche. Zu ihren bzw. seinen pastoralen Aufgaben gehören Wortverkündigung und Sakramentsverwaltung, insbesondere im Zusam­menhang mit Besuchen in Kirchengemeinden und Kirchenkreisen, ebenso wie Einführung der Superintendentinnen und Superintendenten. Die oder der Präses ruft als Pastor Pastores die Superintendentinnen und Superintendneten regelmäßig zu gemeinsamer Beratung zusammen (sog. Superintendentenkonferenzen). Die oder der Präses vertritt die EKvW innerhalb der EKD, in der Ökumene und in der Öffentlichkeit.

Soweit die Kirchenleitung den Dienst der Leitung nicht selbst wahrnimmt, wird er in ihrem Auftrag und nach ihren Weisungen durch das Landeskirchenamt ausgeübt (Art. 154 KO). Das Landeskirchenamt für die allgemeine Verwaltung der Kirche zuständig.

Wenn die KO von „dem Landeskirchenamt“ spricht, meint sie das Kollegialorgan. Ihm gehören neben der bzw. dem Präses als Vorsitzende bzw. Vorsitzendem und den hauptberuflichen Mitgliedern der Kirchenleitung weitere zumeist theologische oder juristische Mitglieder (Landeskirchenräte) an, die von der Kirchenleitung berufen werden (Art. 155 KO).

Die Aufgaben des Landeskirchenamtes sind vielfältig. Es nimmt die Aufsicht über Kirchengemeinden, Kirchenkreise und kirchliche Verbände wahr. Es ist für die Anordnung der Ordination sowie die Dienstaufsicht und Personalentscheidungen bei Theologinnen und Theologen zuständig, außerdem für die Aus-, Fort- und Weiterbildung der Pfarrerinnen und Pfarrer und der anderen Mitarbeitenden der Kirche. Diese Aufgaben sind ihm teils unmittelbar durch die KO und andere Kirchengesetze, teils durch die Kirchenleitung, übertragen worden. Außerdem bereitet das Lan­deskirchenamt die Beschlüsse der Kirchenleitung vor und führt diese aus. Im Auftrag der Kirchenleitung ist es an der Vorbereitung und Durchführung von Beschlüssen der Landessynode beteiligt.

Entscheidungen in grundsätzlichen Angelegenheiten werden durch Beschluss des Landeskirchenamtes (Kollegialbeschluss) getroffen. Im Übrigen erfolgen die Entscheidungen durch die Mitglieder des Landeskirchenamtes als Dezernentinnen und Dezernenten für bestimmte Aufgabenbereiche.

Mit „dem Landeskirchenamt“ ist umgangssprachlich die zentrale Verwaltungsdienststelle der Landeskirche gemeint. Die sich hieraus ergebenden Aufgaben werden von einer Vielzahl Mitarbeitenden, unterstützt durch Ämter, Einrichtungen und Ständige Ausschüsse wahrgenommen.

Die Landessynode hat zur Vorbereitung und Durchführung ihrer Aufgaben sieben Ständige Ausschüsse berufen. Dies sind Theologischer Ausschuss, Kirchenordnungsausschuss, Nominierungsausschuss, Finanzausschuss, Ausschuss für politische Verantwortung, Ausschuss für Weltmission, Ökumene und kirchliche Weltverantwortung und Rechnungsprüfungsausschuss. Für die Beratungen während der Tagung der Landessynode werden je nach den zu beratenden Themen Tagungsausschüsse gebildet.

Auch die Kirchenleitung hat zu ihrer Unterstützung und Beratung Ausschüsse für verschiedene Arbeitsgebiete und Projektgruppen für bestimmte zeitlich begrenzte Aufgaben berufen. Die Ständigen Ausschüsse der Landessynode und die Ausschüsse der Kirchenleitung werden für jeweils vier Jahre berufen. Ihnen sollen sachkundige Gemeindeglieder, Pfarrerinnen und Pfarrer und andere hauptberufliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter angehören. Sie ergänzen und unterstützen die Arbeit der landeskirchlichen Organe. Ihre Arbeitsergebnisse leiten die Ausschüsse der Kirchenleitung oder über die Kirchenleitung der Landessynode zu und tragen so zur gründlichen Beratung, zur Meinungsbildung und zur Vorbereitung der Beschlussfassung in den vielen Aufgabenbereichen der Landessynode und der Kirchenleitung bei.